为何学术查重报告中有时候会将参考文献部分标红呢？有以下两个缘故，有可能论文笔者选用不正规的学术查重软件对论文查重，而这种不正规的学术查重软件无非正规的学术查重，所以不可能甄别参考文献，从而引发参考文献标红；二是论文的参考文献样式不正确，引发学术查重软件不可能准确甄别该部分的参考文献，使得将该参考文献部分标红，若是该部分参考文献样式准确就会被学术查重甄别，使得不会纳入查重范围以内。
综上所述，学术查重并不包括参考文献，学术查重一般而言只对论文的摘要部分、英文摘要部分、内容部分及附录部分来查重，而参考文献并不会在学术查重范围之内。所以，论文笔者大可不必担心因需要用到罗列众多参考文献在论文当中。
但是，只有正规的学术才能甄别参考文献，此外其有的一个前置性条件就是参考文献样式准确，这也说明论文笔者该当到学术不端网的“学术查重入口”等正规的学术查重平台来查重，且要通过规定创写参考文献，保障学术可以甄别。